Applikations-Teams bauen aus den Modulen konkrete Applikationen, d.h. System-Varianten, die ggf. für bestimmte Märkte entwickelt oder konfiguriert sind.
Die Anforderungserhebung, Definition, Konfiguration, Integration und der Test der Anwendungen obliegen den interdisziplinären Applikation-Teams, die dabei die Verantwortung der Applikation über den kompletten Produkt-/ bzw. Systemlebenszyklus übernehmen.
Manche Organisationen unterscheiden zusätzlich zwischen „Produkt-Teams“, die konfigurierbare Produkte entwickeln, und Applikations-Teams, die die Produkte für die Zielmärkte und Anwender konfigurieren.
Unterschiedliche Produkt- bzw. System-Varianten können von unterschiedlichen Applikation-Teams betreut und verantwortet werden. Sind System-Varianten für ein Applikation-Team zu komplex, werden die Funktionen auf mehrere Feature-Teams verteilt. Wichtig ist die Festlegung, welches Team die Integration vornimmt. Meistens ist es dabei sinnvoll, ein Applikation-Team und mehreren Feature-Teams zu formen.